Sebagai lembaga intelektual yang telah mencetak ribuan juta intelek muslim, membuktikan bahwa pesantren mengkaji serius terhadap ilmu, tak pandang itu ilmu apa. karena ilmu itu semuanya ilmu Allah, hanya saja di zaman yang semakin melaju ini ada pihak yang berusaha mendikotomi ilmu. Lalu sikap yang seperti apa yang harus kita ambil?
Menurut Bapak Syamsul Hadi HM, MA saat diwawancara dalam proses penerbitan Majalah Ke-3 Ponpes Syarifuddin, Lumajang. Langkah awal yang harus kita ambil yaitu Islamisasi sains dengan kurikulum IMTAQ yang dulu pernah dipakai pada pemerintahan Gus Dur. Yaitu dengan mengaitkan semua ilmu pengetahuan dengan ayat Al-Quran, karena dengan ini bisa menjadi bukti bahwa semua ilmu itu sudah tertera jelas dalam Al – Qur’an. Kita juga bisa melakukan seminar, pelatihan mengenai ilmu, etc.